建築物環境衛生管理事業の登録申請は、主に次の流れで行います。

①希望する業種及び業務内容について、登録の要件を確認する

業種と業務内容ごとに「建築物環境衛生管理技術者」の資格（人的基準）や、機械器具と設備の要件（物的基準）がありますので、すべての要件（基準）を満たしているかどうかの確認が必要です。

②希望する業種及び業務内容についての「建築物環境衛生管理技術者」を１人以上選任する

登録申請の書類に、監督者・実施者等の別、氏名、業務の範囲、経験年数、資格の種別、資格取得年月日を記載する必要があります。また、登録申請の際は資格証の原本を提示し、写しを提出する必要があります。
※業種によっては資格の取得だけでなく「従事者研修」も受ける必要があります。

③希望する業種及び業務内容についての、機械器具と設備を準備する

登録申請の書類に、機械器具と設備の名称、型式、数量、購入年月日を記載する必要があります。

④営業所の所在地を管轄する都道府県に、必要な書類や事前協議が必要かどうかを確認する
⑤営業所の所在地を管轄する都道府県知事に登録申請する

登録申請は、１営業所ごとに必要となります。
※登録申請の際には、申請手数料が必要です（申請手数料の金額は業種と都道府県によって異なりますので、事前にご確認ください）。

⑥管轄する都道府県の建築物衛生担当から、営業所の実地調査を受ける

都道府県によっては、登録申請から２・３日後に実地調査を受けられる場合があります。

⑦実地調査からおよそ２週間後に、都道府県から登録の完了通知が発行される

以上により、建築物環境衛生管理事業を開始することができます。登録を受けた営業所には、登録業者である旨の表示を行うことができます。
ただし、登録の有効期間は６年ですので、６年を超えて登録業者であるという表示をしようとする場合には、新たに登録を受けなければなりませんのでご注意ください。

また、登録を受けた建築物環境衛生管理事業者はその設備・帳簿書類等を適切に使用・管理し、都道府県から事業に関する報告や立ち入り調査を求められることがあった場合は、設備・帳簿書類等を確認してもらう必要があります。